[安全] 全系统缺少认证与授权，存在越权访问（IDOR）

[yuezengwu]

cc @wyzBelinda

问题

系统所有 HTTP/WebSocket 接口均无认证与授权：

• api/middleware.py 中仅定义了 AuthenticationError/AuthorizationError 异常类，从未被任何路由使用。
• 资源接口以路径参数 patient_id 直接取数据，无归属校验，构成越权访问（IDOR）：
  • modules/RareSystem/backend/api/cases.py:119 —— GET /api/cases/{patient_id}
  • modules/RareSystem/backend/api/cases.py:253 —— DELETE /api/cases/{patient_id}（会连带删除磁盘上的 VCF 文件）
• CORS 配置过宽：main.py:58-64 使用 allow_credentials=True 且 allow_methods=["*"]、allow_headers=["*"]。

影响

任何可访问服务的人可枚举 patient_id 读取或删除任意患者的基因组数据与病例。基因组数据属高敏感健康数据，越权访问是合规红线。

解决方案

1. 在网关引入统一认证（JWT/OAuth 或 API Key + mTLS），下游服务只接受经网关转发的已认证请求。
2. 为所有资源接口增加基于用户身份的授权校验，消除 IDOR（校验请求者是否有权访问该 patient_id）。
3. 收紧 CORS：allow_origins 用明确白名单，allow_methods/allow_headers 按需列举。

优先级

高。对外/生产部署前必须解决。

[wen1112]

@jackhu3301 @wyzBelinda

[FenjuFu]

这三个安全 issue 里，我认为只有这个是真正的架构决策，所以不打算直接甩 PR，先把方案和取舍列出来等你们定。#15 / #17 已提 PR（#29 / #30）。

先更正一处

CORS 配置过宽：main.py:58-64 使用 allow_credentials=True 且 allow_methods=["*"]、allow_headers=["*"]

allow_origins 用的是 CORS_ORIGINS 环境变量，默认值是 http://localhost:8888,http://127.0.0.1:8888,http://localhost:8181,http://127.0.0.1:8181 —— 是明确白名单，不是 *。在 origin 已经受限的前提下，allow_credentials=True 是正常配置，allow_methods/headers=["*"] 的实际风险很低。

所以我建议把 CORS 从这个 issue 里摘出去（或降为 low）：它现在不是漏洞，收紧它也不会减少任何实际暴露面。真正的问题是下面两条 —— 没有身份，和没有归属校验。把 CORS 和它们并列，容易让人以为改完 CORS 就安全了。

真正要定的三件事

1. 这个系统的多用户模型是什么？

这是前置问题，不定它后面全是空谈。三种可能，请选：

• (a) 单用户 / 单机自托管：一个研究者在自己机器上跑。那就不存在 IDOR —— 所有数据本来就都是他的。需要的只是「别让别人连上来」，也就是 [安全] 服务默认绑定 0.0.0.0，建议改为回环地址 127.0.0.1 #15 + 一个可选的静态 API Key。
• (b) 单机构多用户：一个医院/实验室内多个医生共用一个部署，各自的病例互相不可见。需要用户表 + patient.owner_id + 归属校验。
• (c) 多租户 SaaS：跨机构。还要加租户隔离、审计日志、数据驻留等，工作量是 (b) 的数倍。

从 README 的部署方式（pixi 本地装、1TB 本地数据、OpenRare Lite 那个 #8）看，现状明显是 (a)，而 issue 描述里的 IDOR 是按 (b)/(c) 写的。如果短期目标就是 (a)，那这个 issue 的正确解法不是「加认证授权」，而是「文档明确写清：本系统假定单一可信用户，禁止暴露到不可信网络」+ #15 那种默认回环 —— 成本几乎为零，且诚实。

我倾向：先明确声明为 (a)，把 (b) 作为单独的 roadmap issue，而不是现在就往里塞一套半成品的认证。半成品认证比没有认证更危险，因为它会让人以为可以对外暴露了。

2. 如果要做 (b)，认证放哪一层？

issue 的方案 1 说「网关引入统一认证，下游只接受经网关转发的已认证请求」。这里有个坑：下游模块目前是 7 个独立 uvicorn 进程，gateway 只是透明转发（/m/{module}/{path} 直接 httpx 打 127.0.0.1:<port>）。「下游只接受网关转发」这件事，在同机回环上没有任何强制手段 —— 任何本机进程都能直接连 8001-8007 绕过网关。

所以要么：

• 网关认证 + 下游继续裸奔，安全边界靠 [安全] 服务默认绑定 0.0.0.0，建议改为回环地址 127.0.0.1 #15 的回环绑定（够用，前提是接受「本机即可信」）；
• 或者下游各自校验一个网关注入的共享 secret（简单，能挡住「本机其他用户」这一档）；
• 或者真做 mTLS（重，我不推荐，这个规模不值得）。

3. patient_id 是自增整数

GET/DELETE /api/cases/{patient_id} 用的是自增 ID，所以即使加了归属校验，枚举本身仍然会泄露「系统里有多少病例」。如果要做 (b)，建议顺带把对外暴露的标识换成 UUID。这个改动越早越便宜。

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我能立刻做、且无论选 (a) 还是 (b) 都不白费的，有两件：

1. DELETE /api/cases/{patient_id} 目前会连带删除磁盘上的 VCF 文件且无任何确认。加一个「软删除 + 保留文件」或至少要求显式 ?purge_files=true，这是纯粹的防误操作改进，跟认证方案无关。
2. 给 README / 部署文档加一节明确的安全边界声明（当前假定单一可信用户、禁止暴露公网、如何正确放到反代后面）。

要我先做这两件吗？认证本身我等你们对第 1 点的答复。