KudoCop

Kudo's COworking python Package

What you can do with KudoCop

• 分子動力学シミュレーションの結果を読み込み, 書き込み (対応ファイル : Data Formats)
• 分子動力学シミュレーションの結果を分析
• Packmolを用いて分子を充填
• DMol3を用いた第一原理計算
• Laichを用いた分子動力学計算、構造最適化計算
• Deep Learning Potentialを学習させるためのデータセットを作成

Requirements

numpy>=1.20.3
pandas>=1.3.4
tqdm>=4.62.3
cython=0.29.24

# optional
ase>=3.22.1

Install

インストール方法

git clone git@github.com:kudoryutaro/kudocop.git
cd ./kudocop/package
python3 ./KudoCop/setup.py build_ext --inplace

Add Path

#bashの場合 -> $HOME/.bashrcに下記を追記
export PYTHONPATH="$PYTHONPATH:$HOME/kudocop/package"
#cshellの場合 -> $HOME/.cshrcに下記を追記
# すでにPYTHONPATHがある場合はすでにあるPYTHONPATHに追加
setenv PYTHONPATH ${PYTHONPATH}:$HOME/kudocop/package
# PYTHONPATHが無い場合
setenv PYTHONPATH $HOME/kudocop/package

How to update

mainにpushしないでください。 各自ブランチを作りpull requestをしてください。 Docstringを必ず書いてください。

Setting of VSCode

補完が出るようになります

例 (nfshome15/rkudo を変えてください)
"python.analysis.extraPaths": [
    "/nfshome15/rkudo/kudocop/package"
],

Documents of KudoCop

• Tutorial of sdat
• Data Formats
• SimulationDat(sdat)
• SimulationDats(sdats)
• KudoCop Scripts
• Structure of KudoCop